Über das weitere Schicksal des St.-Martins-Klosters ist wenig bekannt. 834 wird es noch als Ausstellungsort einer Schenkungsurkunde an das Domkloster St. Emmeram genannt (actum ad mon. Scon.). Im Jahre 900 taucht der Name des Klosters noch einmal auf, wieder zusammen mit dem Regensburger Domklosters (de rebus sancti Martini sanctiqur Emmerammi.) Nach Janner wird das Kloster zu Schönau im Frühjahr 834 zum letzten Mal erwähnt, als Bischof Baturich und der Marktgraf Wilhelm auf dem Rückweg von Mondsee nach Regensburg mit großem Gefolge im Schönauer Martinskloster weilten. Die Übergabe von zwei Tauschurkunden im Jahre 900 erfolgt laut Urkunde nur mehr ad S. Martinium et S. Emmeramum. Hieraus folgt Janner, dass das eigentliche Kloster (das monasterium S. Martini) schon nicht mehr bestand und deshalb nur mehr die Kirche mit dem Patron bezeichnet wird. Hier verliert sich die Spur des Schönauer Urklosters im Dunkel der Geschichte. Einer Überlieferung zufolge wurde es erst im Bayrisch-Böhmischen Krieg niedergebrannt und nicht mehr aufgebaut. Das wäre im August 1257 gewesen, als die Truppen des böhmischen Königs Ottokar von Passau her nach Niederbayern einbrachen und die ganze Gegend bis Neuötting verwüsteten. Dass sich das Urkloster Schönau so lange hielt, ist unwahrscheinlich. Es ist eher anzunehmen, dass es während der Ungarneinfälle Anfang des 10. Jahrhunderts zerstört wurde oder aber schon bei der Säkularisation unter König Arnulf aufgehoben wurde. Von dieser Säkularisation entwerfen die klösterlichen Chronisten ein düsteres Bild. So schreibt etwa Giesebrecht: „Arnulf war wie andere Herzoge hauptsächlich durch Beraubung der Kirchen in die Höhe gekommen. Vor allem hatten die reichen Klöster gelitten, fast überall fielen sie in die Hände der Gewalthaber, die mit den Einkünften derselben ihre Dienstmannschaften unterhielten und die Zahl ihrer Vasallen vermehrten. Man sah die sonderbare Erscheinung von Laienäbten, welche das Vermögen der Klöster bloß auf weltliche Dinge verwendeten und in die heiligen Räume das unkirchliche, ja geradezu lästerliche Leben einführte. Arnulf hatte z. B. dem Kloster Niederaltaich fast das ganze Vermögen genommen, dem Kloster Tegernsee nahm 11 000 Hufen seines Landsitzes.“ Und Riezler bemerkt: „Wenn andere, wie Sandau, Siewerstadt, Berg, Schönau, Schönberg für immer untergegangen sind, so ist dies wohl bei den meisten auf jene Tage zurückzuführen.“
